由于气调冷藏库的建筑、设备的特殊性，气调冷藏库的安全管理也是十分重要的工作。
(1)库房围护结构的安全管理：气调冷藏库是一种对气密性有特殊要求的建筑物，库内外温度的变化以及在气调设备的运行中，都可能引起库房围护结构两侧压差变化。压差值超过一定限度就会破坏围护结构，这点不可因气调冷藏库设置了安全阀和缓冲贮气袋就可以掉以轻心。
(2)人身安全管理：要求气调冷藏库的操作、管理人员，一定要掌握安全知识。气调冷藏库内气体不能维持人的生命，不可像出入其他冷藏库那样冒然进入气调冷藏库；必须熟练使用呼吸装置。
为了更好地保证人身安全，必须制定下列管理措施，以防止发生人身伤亡事故：①在每扇气调冷藏库的气密门上，书写醒目的危险标志：“危险!库内缺氧，未戴氧气罩者严禁入内!”。封库后，气密门及其小门应加锁，以防止闲杂人员误入。②需进入气调冷藏库维修设备或检查贮藏质量时，需两人同行，均戴好呼吸装置后，一人入库，一人在观察窗外观察，严禁两人同时入库作业。③至少要准备两套完好的呼吸装置，并定期检查其可靠性。④开展经常性的安全教育，使所有的操作管理人员树立强烈的安全意识。
